La schisi palatina si verifica quando i rudimenti embrionali del palato molle non si fondono. Le lamine palatine non si fondono completamente lungo la linea mediana, il che si manifesta in vari difetti del palato molle, dai più insignificanti, ad esempio quando solo l'ugola è divisa (ugola bifida), fino a una schisi completa del palato molle, che spesso coinvolge anche il palato duro.