Le indicazioni più comuni per il trapianto di cornea sono la cheratopatia bollosa (pseudofachica, distrofia endoteliale di Fuchs, afachica), il cheratocono, il trapianto di tessuto reticolato, la cheratite (virale, batterica, fungina, da Acanthamoeba, perforazione) e le distrofie corneali stromali.