Il quadro clinico dell'eschericosi è simile a quello di altre infezioni diarroiche. Pertanto, la diagnosi viene confermata in base all'esame batteriologico. Il materiale (feci, vomito, lavanda gastrica, sangue, urina, liquido cerebrospinale, bile) deve essere raccolto nei primi giorni di malattia prima che al paziente venga prescritta la terapia etiotropica.