Clinicamente, la diagnosi di shigellosi può essere formulata solo in caso di una variante colica tipica della malattia. Per chiarire la diagnosi nei casi non confermati da esami di laboratorio, viene eseguita una rettoscopia, che in tutti i casi di shigellosi rivela un quadro di colite (catarrale, emorragica o erosivo-ulcerosa) con danno alla mucosa del colon distale, spesso sfinterite.