I meningococchi sono cellule sferiche Gram-negative con un diametro di 0,6-0,8 µm. Negli strisci preparati da materiale prelevato da un paziente, hanno la forma di un chicco di caffè e sono spesso disposti a coppie o tetradi, oppure in modo casuale, spesso all'interno dei leucociti - fagocitosi incompleta.