È stato descritto un deficit congenito di enterochinasi, così come un deficit enzimatico transitorio nei neonati estremamente prematuri. A causa del deficit di enterochinasi, la conversione del tripsinogeno in tripsina viene interrotta, con conseguente degradazione proteica nell'intestino tenue. Nella patologia duodenale, è possibile anche un deficit di duodenasi, che porta a un deficit di peptidasi.