La colite pseudomembranosa si sviluppa più spesso a seguito dell'uso prolungato di antibiotici come ampicillina, lincomicina, clindamicina, cefalosporine e, meno frequentemente, penicillina, eritromicina, cloramfenicolo e tetraciclina. Il Clostridium difficile è un batterio anaerobio Gram-positivo sporigeno in grado di produrre due tipi di esotossine: la tossina A e la tossina B. Esistono quattro cause principali di colite pseudomembranosa associate al C. difficile.