La neutropenia alloimmune, o isoimmune, dei neonati si verifica nel feto a causa dell'incompatibilità antigenica tra i neutrofili del feto e quelli della madre. Gli isoanticorpi della madre appartengono alla classe IgG, penetrano la barriera placentare e distruggono i neutrofili del bambino. Gli isoanticorpi sono solitamente leucoagglutinine, reagiscono con le cellule del paziente e del padre, ma non con le cellule della madre.